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deepconv/arare インストール手引

  1. 動作環境
  2. コンパイルに必要なソフトウェア
  3. インストールの手順
  4. ソースツリー以下の主要なファイルとディレクトリ

動作環境

2011 年 06 月 14 日現在, 以下の環境での動作が確認されています.

Linux on x86

Mac OS on Intel Mac

大型計算機

コンパイルに必要なソフトウェア

deepconv/arare をインストールと実行には以下のソフトウェアを事前にインストール しておく必要があります.

netCDF (バージョン 3.6.x)
ソースからコンパイルする場合
gtool5 ライブラリ
ソースからコンパイルする場合
LAPACK/BLAS
ソースからコンパイルする場合

ドキュメントのコンパイルに必要なソフトウェア

deepconv/arare のドキュメントは, 数理モデルと離散モデル解説は LaTex, コードリファレンスは RD, RDOC (Ruby Document) を用いて記述されています.

これらのドキュメントはソースツリー内ではコンパイル済となっていますが, ドキュメントの再コンパイルを行うためには, 以下のソフトウェアが必要です.

Debian GNU/Linux を使用する場合, 以下のバイナリパッケージが必要となります.

インストールの手順

ソースの入手

wget などでソースを入手

$ wget http://www.gfd-dennou.org/library/deepconv/arare/arare5_current.tgz

tgz ファイルの展開, ソースディレクトリへの移動

$ tar -xzvf arare5_current.tgz
$ cd arare5-YYYYMMDD

環境変数の設定

コンパイラを指定する.

$ export FC=(コンパイラ名)

例えば g95 の場合,

$ export FC=g95

とする. 並列計算を行いたい場合には

$ export FC=mpif90

とする.

Mkinclude の作成

ソースを展開後, configure を実行して Mkinclude ファイルを作成する.

$ ./configure \
  --with-netcdf=(netCDF ライブラリファイルの絶対パス) \	
  --with-gtool5=(gtool5 ライブラリファイルの絶対パス) \
  --with-lapack=(LAPACK ライブラリファイルの絶対パス) \
  --with-blas=(BLAS ライブラリファイルの絶対パス) 

例えば Debian パッケージを利用している場合,

$ ./configure \
  --with-netcdf=/usr/lib/libnetcdf-g95.a \
  --with-gtool5=/usr/lib/gtool5-g95/lib/libgtool5.a \
  --with-lapack=/usr/lib/liblapack-g95.a \
  --with-blas=/usr/lib/libblas-g95.a

とすれば良い.

並列計算を行う場合には, gtool5 を mpif90 でコンパイルしておく.

作成した Mkinclude の各マクロを確認し, インストール先の環境にあわせて 適宜編集する.

mpi を利用する場合は, CPPFLAGS=LIB_MPI とすること. 

ソースのコンパイル

コンパイルは GNU make を用いて行う.

2 次元計算を行なう場合

ソースツリー直下で

$ make

を実行するとソース直下の以下のディレクトリに実行ファイルとライブラリ, モジュールファイルが展開される.

./lib		ライブラリ libarare.a が格納される
./bin		実行ファイルが格納される
./include	各種 *.mod ファイルが格納される

bin 以下には次の実行ファイルが格納される.

arare           3 次元雲対流モデル
arare_init-data 初期値ファイル作成用実行ファイル

ドキュメントのコンパイル

インストールの手引, 利用の手引とコードリファレンス

$ make doc  

アンインストールの手順

src ディレクトリ以下のオブジェクトファイル, 実行ファイルの消去は

$ make clean

とする.

数理モデル解説と離散モデル解説, インストールの手引, 利用の手引とコードリファレンスの消去は

$ make clean.doc

とする.

$ make clean.all

とすると, 上記のすべてと Mkinclude ファイルが消去される.

ソースツリー以下の主要なファイルとディレクトリ

COPYRIGHT	 ライセンス
INSTALL	 インストール手引き
Makefile	 Makefile
Mkinclude	 Makefile 用 include ファイル (configure から生成)

bin/		 実行ファイル格納ディレクトリ (コンパイル時に作成)
css/		 スタイルシート格納ディレクトリ
doc/		 ドキュメント格納ディレクトリ
   dai1bu/	 数理モデル解説格納ディレクトリ
   dai2bu/	 離散モデル解説格納ディレクトリ
   code_reference/	 コードリファレンス格納ディレクトリ
   tutorial/	 	 チュートリアル
include/	 モジュール格納ディレクトリ (コンパイル時に作成)
lib/		 ライブラリ格納ディレクトリ (コンパイル時に作成)
src/		 ソースコード格納ディレクトリ
    Makefile  Makefile
    chemdat/  化学種の指定および物性値の設定と計算
    dynamics/ 力学過程
    env/      基本場と擾乱場の初期条件を設定
    io/       入出力
    main/     主プログラム, 乱数生成, 診断量の計算
    physics/  物理過程
    setup/    初期化
    util/     平均微分演算, 境界条件等を計算する下請け計算
    sample_nml/ 設定ファイルのサンプル
scripts/	解析や絵を描くのに使うツール群

Deepconv Development Group / GFD Dennou Staff dcstaff@gfd-dennou.org
Last Updated: 2011/12/06, Since: 2005/01/31